Vous affrontez un adversaire (ordinateur ou ami). Vous devez au début de la partie choisir la grandeur de l'ère du jeu. Puis définir le niveau de QI de l'ordinateur si vous l'avez choisi comme adversaire. Suivant la version du jeu vous avez à votre disposition divers objets afin de de piéger votre concurrent ! Et oui le but du jeu est de trouver un objet, dans Spy VS Spy 2 c'est un missile divisé en 3 parties.